Le phylloxera apparu dans le sud de la France en 1863 atteint Lissieu vers 1874. Le minuscule puceron s’attaque aux racines de la vigne dont il pompe la sève jusqu’à tuer le pied. C’est un séisme dans la vie lissiloise toute agricole et tournée vers la culture de la vigne.
Comme dans toute pandémie, on cherche le remède, on invente des solutions, on promeut des potions miracles, y compris les plus farfelus. Les insecticides, l’inondation des vignes en hiver, l’engrais antiphylloxérique, le sulfure de carbone injecté en vapeur sur les racines. La bataille fait rage entre les méthodes.On crée des champs d’expérimentation, dont un à Saint-Germain au mont d’or.
Une solution l’emporte progressivement comme la plus efficace à partir des années 1880 : il faut arracher et replanter des plants américains greffés. On crée des pépinières et des écoles de greffage «pour la défense et reconstitution du vignoble de notre cher pays ». En 1887, ce sont 122 écoles de greffage qui fonctionnent dans le Rhône (y compris pour les femmes) regroupant 3841 personnes.À Lissieu, en 1885 et 1886 c’est Jean Marie Duchamp (époux d’Antoinette Magniny) qui dirige l’école de greffage, Damour est le moniteur et le jury des épreuves pratiques qui suivent les cours est composé de Clément président de l’Union agricole (les chères), Damour, Napoly, Faure et Tony.
Précis de sulfuration et de greffage de la vigne Paul Vincey professeur départemental d’agriculture du Rhône 1888 (Gallica-BNF)
Ces bouleversements dans la conduite des exploitations ne vont pas sans soucis dans les familles. À la clôtre, ce sont les vignes replantées en rangées trop proches pour l’introduction du cheval par Philibert Briard (1836-1911), maire de Lissieu de 1881 à 1884 qui sont partiellement arrachées (un rang sur deux) par son gendre Louis Bunand (1866-1922) accoutumé à des façons plus modernes de conduire les cultures.
La vie continue, la culture de la vigne perd du terrain, on arrache et on replante des plants greffés sur porte-greffe américain ; on plante aussi des vergers de fruitiers.
En 1909, la société d’agriculture, d’histoire naturelle et arts utiles de Lyon rapporte dans sa 21e séance sa visite à Lissieu chez Julien Duchamp (fils de Jean Marie Duchamp et Antoinette Magniny) qui reçoit la médaille de vermeil :
«Enfin la dernière exploitation que nous avons visitée et non la moins intéressante est celle de Monsieu Julien Duchamp à Lissieu. Son exploitation fruitière est située à Montfort sur la grande route de Paris ; là il cultive avec un maître-valet trois hectares plantés en poiriers, un hectare de pêchers et un hectare de vigne (Gamay sur riparia). Les arbres sont assez espacés pour que toutes les façons puissent être faites à la charrue ou à la galère ; aussi le terrain est-il parfaitement propre ; il est fumé au nitrate de soude et aux scories Thomas ; il n’y a pas de maladies sauf de la tavelure sur les poiriers. Il y a en tout 20 000 poiriers de toute espèce : Giffard, William, duchesse alexandrine, Doullard, claps, mme Ballet et Clergeau. Sur deux hectares exposés au levant, du côté du Mont Verdun ; des poiriers de vingt ans sont en ligne, espacés de 4 mètres, avec rangs de Chasselas entre deux ; ils sont formés en V et constituent une haie fruitière ; la taille est bien faite et la production poussée à son maximum. Les fruits sont assez beaux. Dans cette même plantation, des arbres qui portaient autrefois des curés ont été regreffés en William, et à 20 centimètres du sol ; les greffons de trois, quatre, cinq ans portent déjà de belles poires. Dans un terrain plus plat, mais plus riche Monsieur Julien possède une plantation e un hectare de poiriers en ligne espacés de 1m50 âgés de dix à douze ans et , à côté un champ de pêchers de un hectare ; mais ce sont pour la plupart de vieux pieds en gobelets, formés par le bas. Les pêches et les poires sont transportées à Lyon dans des corbeilles couvertes, sans subitr d’autre manipulation que le ramassage fait en famille. La production annuelle de cette exploitation est de 30 000 kg de poires, vendues 35 à 40 francs et 15 000 kg de pêches dont le prix varie de 25 à 30 francs. » (Gallica-BNF)
À Lissieu les bouleversements créés par la crise du phylloxera n’auront rien d’aussi grave que les crises vigneronnes de 1907 dans le midi ou 1911 dans le Champagne, consécutives à la baisse des prix causée par les fraudes et par la surproduction due aux replantations. Ils seront pourtant l’amorce de la diminution de la population lissiloise. En constante augmentation depuis la révolution elle va diminuer à partir de 1880 . Bien sûr la crise du phylloxera ne sera pas la seule cause, il y aura aussi la Première Guerre mondiale et la complète transformation de la société qui s’en suivra.
Julien Marie Duchamp, le médaillé vermeil, né en 1882 (époux de Jeanne Marie Grivel qu’il a épousé en 1908 à Lucenay) sera mobilisé comme tous les hommes nés entre 1867 et 1898. Il restera en campagne contre l’Allemagne du 3 août 1914 à mars 1919 laissant derrière lui sa femme et ses deux premières filles nées en 1910 et 1912.
Louis Bunand, celui qui travaillait avec un cheval, né en 1866 ne sera pas mobilisé, mais son fils Jean-Claude Bunand né en 1898 sera incorporé à compter du 1er mai 1917 (classe 1918 Lyon sud matricule 313) et renvoyé dans ses foyers le 5 juin 1920. Son père Louis mourra prématurément à 56 ans deux ans après le retour de son fils.
Après la guerre, Julien Marie Duchamp s'installera à Quincieux comme pépiniériste. Ne resteront à Montfort que ses parents Jean Claude et Antoinette. Puis Antoinette,veuve Duchamp.
Jean Claude Bunand se mariera en 1929 et poursuivra l’exploitation de la clôtre avec son frère et ses deux fils, en diversifiant les productions (pêchers, poiriers, groseilliers, cassis) en livrant à Lyon jusqu’à trois fois par semaine et en s’employant comme entrepreneur agricole dans la région jusqu’à Feurs.
Plus chanceux que les 22 morts pour la France du monument aux morts de Lissieu (dont quatre dans les vieilles familles de propriétaires de Lissieu: Hugues et Joannés Vernay, Benoit joseph Chaffange et Pierre Dufournel), ils reprennent le travail et connaissent les années difficiles auxquelles la génération née dans les années trente va s’efforcer de remédier. La population continue à diminuer malgré l’arrivée de gens nouveaux (Démule, Boutet, Franceschini, Bernard, Weinberger) qui viennent de plus ou moins loin, ne travaillent plus dans l’agriculture ou deviennent pluriactifs, ne font que passer ou feront souche à Lissieu. Le nombre de maisons occupées passe de 141 en 1896 à 126 en 1936, à peine plus qu’après la révolution. Lissieu va perdre un quart de sa population entre 1876 (586 habitants) et 1954 (428 habitants).